UPT SD Negeri 49 Gresik memiliki total 18 ruang kelas yang terbagi merata untuk menampung siswa dari kelas 1 hingga kelas 6, dengan setiap jenjang kelas memiliki tiga rombongan belajar. Setiap ruang kelas dirancang untuk menciptakan lingkungan belajar yang kondusif dan dilengkapi dengan fasilitas yang memadai, termasuk meja dan kursi untuk setiap siswa, papan tulis sebagai media pembelajaran utama, layar proyektor yang mendukung presentasi visual, lemari untuk menyimpan berbagai keperluan belajar, serta kipas angin yang memastikan sirkulasi udara tetap terjaga dengan baik.