Misi  yang  dikembangkan  oleh  UPT SD Negeri 49 Gresik  berpedoman  pada  ketentuan  penyusunan  misi  yang  dimuat  dalam  pedoman  penyusunan KTSP dan Standar Nasional.  Misi UPT SD Negeri 49 Gresik adalah:

1. Merancang pembelajaran yang menarik dan menyenangkan yang mampu memotivasi peserta didik untuk selalu belajar dan menemukan pembelajaran.
2. Membangun lingkungan sekolah yang membentuk peserta didik memiliki akhlak mulia melalui rutinitas kegiatan keagamaan dan menerapkan ajaran agama melalui cara berinteraksi di sekolah.
3. Membangun lingkungan sekolah yang bertoleransi dalam kebinekaan global mencintai budaya lokal dan menjunjung nilai gotong royong.
4. Mengembangkan kemandirian, nalar kritis, dan kreativitas yang memfasilitasi keragaman minat dan bakat peserta didik.
5. Mengembangkan program sekolah yang membentuk ide dan gagasan cepat tanggap terhadap perubahan yang terjadi untuk merancang inovasi.
6. Mengembangkan dan memfasilitasi peningkatan prestasi peserta didik sesuai minat dan bakatnya melalui proses pendampingan dan kerja sama dengan orang tua.